Comentario
El segundo ataque dio comienzo a las 8,40 horas, con 54 bombarderos, 80 bombarderos en picado y 36 cazas. La dirige el comandante Shimazaki, del portaaviones Zuikaku, quien dio la orden de despegue una hora después de que hubiera partido la primera oleada.
Prevenidos y dispuestos, esta segunda oleada se encontró con mejores defensas americanas. Los sirvientes de los cañones acudieron a sus puestos y la munición fue aprovisionada. En consecuencia, fueron abatidos algunos de los bombarderos atacantes. A pesar ello, el Pennsylvania resultó alcanzado, tres destructores fueron puestos fuera de combate y el Nevada fue obligado a encallar.
A las 10 de la mañana el ataque se dio por finalizado. A pesar de no haber encontrado el objetivo principal, los portaaviones Enterprise y Lexington, Nagumo se dio por satisfecho con los daños infligidos, considerando que las pérdidas causadas serían un golpe fundamental para la presencia americana en el Pacífico. Afortunadamente para Washington, Nagumo desoyó los consejos de Fuchida y otros comandantes, que solicitaban otro ataque más para completar la destrucción de la Flota del Pacífico. Así pues, dio orden a la Flota de emprender la retirada. Particularmente desafortunada fue la decisión de no iniciar la búsqueda de los portaaviones norteamericanos, pues el Enterprise se hallaba de regreso a Pearl Harbor y no hubiera podido resistir un ataque masivo. La decisión de Nagumo posiblemente fue un factor decisivo en el posterior desarrollo de la guerra.
De los 183 aparatos de la primera oleada sólo nueve faltaban sobre la cubierta de los portaaviones. El segundo ataque tuvo menos fortuna: sólo regresaron 150 aparatos. La flota japonesa había cumplido su misión y viró hacia el noroeste. Aparte de los 29 aviones perdidos, Nagumo debía contabilizar la muerte o captura de 55 pilotos y tripulantes, la de diez submarinistas y la destrucción de sus cinco submarinos enanos, que se mostraron completamente ineficaces.
La contabilidad norteamericana resultó mucho más dolorosa y lenta: 2.403 muertos y 1.778 heridos era su tragedia humana. En lo material había que contabilizar la destrucción de los acorazados Arizona y Oklahoma; las grandes averías y destrozos sufridos por el West Virginia, California y Nevada (que pudieron ser reparados y participarían más tarde en la guerra); se fueron a pique tres destructores y cuatro buques más pequeños; sufrieron daños graves tres cruceros y tres destructores más. En total, 300.000 toneladas de buques de guerra fueron destruidas o inutilizadas temporalmente. Las pérdidas aéreas se cifraron en 183 aviones destruidos y 63 parcialmente dañados, casi el total de los que se hallaban en la isla.
Un análisis posterior acorta, sin embargo, el éxito japonés. Cuando Nagumo comenzó a alejarse de las Hawai perdió la oportunidad de su vida.
En Pearl Harbor quedaron más de 70 buques indemnes, entre ellos tres acorazados, con escasos daños, y una docena de cruceros, inmensos talleres y diques secos cuya destrucción hubiera supuesto para USA mayor pérdida que la de sus dos acorazados abatidos ese día y, sobre todo, inmensos depósitos de combustible que hubieran paralizado a la flota norteamericana durante meses.